【组织管理机制】
学校校长和党组织书记由上海科技大学党委推荐，上海市教育委员会任命。学校实行党组织领导的校长负责制；学校建立党政联席校务会议制度、建立校长办公会议制度、行政会议制度、教职工代表大会制度。校长是学校法人代表，对外代表学校，对内全面负责学校的教育教学和行政管理工作。党组织书记是学校党务工作负责人，全面负责学校的党务工作。学校根据《上海市事业单位聘用合同办法》和上级行政部门的有关规定，对学校员工实行“聘用制”。
【行政管理架构】
上海科技大学附属学校行政管理架构的基本指导思想有三：一是构建“小行政，大教育” 的管理模式，集中精力聚焦教育教学；二是基于此模式，纵观“十二年制”，扁平化管理；三是强化专家功能，提升办学品味，提高办学质量。
为保证学校的办学理念和培养目标得以落实，学校设“行政委员会”和“专家委员会”两大机构。行政委员会负责学校日常工作运转；专家委员会则提供咨询、策划、决策和评估的建议或意见。行政委员会下辖校务办公室、教学指导处、教师发展处、学生发展处、后勤服务处。“校务办公室”除校办事务、协调处室工作，以及对外联络外，兼管人事、薪酬等事宜。“教学指导处”不仅负责学校日常教育教学工作、学籍管理和信息系统， 还要负责学生的活动、兴趣类课程，以及对学生及其家长的选课指导；“教师发展处”负责教师的职务评聘、专业发展、教师科研课题指导等；“学生发展处”主要负责团队工作、干部培养、家校联盟、学生志愿服务和校外实践等，同时分管招生工作，便于充分利用家长和社会的教育资源。“后勤服务处“则主要负责学校财务、设施设备、环境营造、校园安全等事宜，对学校教育教学工作起保障作用，其具体工作大多采用外包购买服务方式。专家委员会则由著名基础教育专家兼职担任，对课程和教学的建议将提交行政委员会，后者集体讨论，予以审议，如果采纳则交予相关处室执行。另一方面，专家委员会有责任对相关处室的执行情况进行评估，并将结果反馈行政委员会。
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